故事以游戏为基础，是前作D.C.53年之后的故事。故事中两位女主角朝仓音姬和朝仓由梦是前作主角的孙女，但动画以女主角之一的月岛小恋与主角交往为开头,以游戏剧情的天枷美夏路线为结尾。

梦幻的初音岛上发生了不可思议的现象，本不会枯萎的樱花在一夜之间突然枯萎了。两年之后，樱花再度在初音岛上绽放。主人公朝仓纯一进入风见学园，继续过着校园生活。他的口头禅“好困”消失了，变成了勤勉努力，热衷体育的开朗青年。此时，他的两个妹妹，两年前离去的朝仓音梦……

　　D.C.的53年之后，粉红色的樱花绽放的小岛，无数的樱花在空中飞舞,终年不绝。整个岛都覆盖在粉红的花海里,时间是冬季。 地面有厚厚的积雪,空...

故事的地点发生在这个整年都会不可思议地开着樱花而出名的新月型岛--初音岛。 　　主人公--朝仓纯一，在岛上的风见学园上学，他拥有在睡觉时能看到别人梦境的奇异能力,还能使用由魔法使老奶奶所教授的能变出点心的小魔法。 　　这次，纯一又在梦里见到了童年时曾在一起的“妹妹”，可是却怎么想不起她的名字了…… 　　可惜，纯一的美梦很快被妹妹音梦的恶作剧给打断，可是，面对着这么可爱的妹妹纯一却气不起来。 在上学前，纯一却执意要帮妹妹量体温…… 　　其实纯一和音梦不是真正的兄妹关系，音梦很小的时候纯一的家人收养了她。纯一无微不至地照顾着音梦，给人的感觉她们好像是一对恋人。 　　到了学校，纯一他们见到了学园的万人迷偶像白河ことり，还有音梦好友美春。不过因为是开学第一天，学校来了个转校生，她居然就是纯一梦里见到的那个妹妹—芳乃さくら。芳乃さくら的出现，使纯一开始惊慌起来，而音梦心里感到有些不自在。 　　纯一的惊慌是对的，芳乃さくら说：“我是来实现和哥哥的约定的！”然而芳乃さくら似火的热情却让纯一只想逃…… 　　事情还没完，晚上，芳乃さくら居然又偷偷从窗户爬进了纯一的房间。无奈的纯一只好用魔法变点心来分散芳乃さくら的精力，可是，さくら还是乘他不注意时，KISS了纯一……这一切又恰好被推门而入的音梦看见，音梦生气地夺门而去……